Mám stejný problém. V diskuzi o GPS na pandora.cz se ale před několika týdny objevil návod, jak GE upravit. Šlo o nahrazení souboru gpsbabel novější verzí.
Ale ani po této operaci mi to nefunguje korektně. Nově už vidím waypointy uložené v GPX, ale trasy stále ne. Někdo ale tyto problémy nemá - viz diskuze na Pandoře.